Taksonomi og nomenklatur

Tekst påbegynt 4.12.2020. Dette er et vanskelig tema, og teksten vil endre seg ofte den første tiden etter som vi får inn tilbakemeldinger fra referansegruppen og andre. Som all tekst på nettstedet, skrives den også på norsk og engelsk parallelt, og det byr i dette tilfellet på et ekstra lag av utfordringer. Ulik begrepsbruk i de to språkområdene er nemlig en sentral del av temaet. Ta veldig gjerne kontakt for innspill til artikkelen.

Målet med denne artikkelen er å skissere en generell forståelse av temaet taksonomi og nomenklatur i biologi, og med det som grunnlag beskrive systemene i Open Agro Data, både med hensyn til datastruktur og brukernavigering.

Biovitenskapene er avhengig av en systematikk som på best mulig måte gjenspeiler slektskapsforhold mellom livsformene (taksonomi) og samtidig har et klart navnesystem (nomenklatur) som gjør det mulig å holde dataene om de enkelte livsformene fra hverandre. Dette er nødvendigvis et enormt komplisert felt, både fordi livet i biosfæren er enormt komplekst, og fordi kunnskapen har utviklet seg over tid, slik at man hele tiden har måttet endre på de gjeldende systemer mens de er i bruk. Resultatet er at vi står med ulike systemer for hovedgruppene av livsformer, og i tillegg er det noe uklar begrepsbruk i ulike miljøer, noe som forvirrer.

Taxonomiske systemer

(Tekst under utvikling)

Wikipedia(EN): Taxonomy, Taxonomic rank, Evolutionary taxonomy, Phylogenetics, Plant taxonomy, List of systems of plant taxonomy

Nomenklatursystemer

Det er gjort et forsøk på å bygge en altomfattende nomenklatur for alle livsformer, Draft Biocode (1997) og Revised Biocode (2011), utviklet av International Committee on Bionomenclature (ICB) (bakgrunn og hensikt). Dette har stoppet opp pga for store forskjeller særlig mellom zoologien og botanikken. Se følgende:

Werner Greuter & Dan H. Nicolson: Introductory comments on the Draft BioCode, from a botanical point of view

Alain Dubois: A zoologist’s viewpoint on the Draft BioCode

Dyr og andre livsformer

(OAD har i begynnelsen mest fokus på planter, så dyr og andre livsformer blir behandlet og omtalt når vi har kommet så langt.)

International Code of Zoological Nomenclature

Utviklet av International Commission on Zoological Nomenclature (ICZN).

Wikipedia(EN): ICZN

Andre

Wikipedia(EN): Nomenclature codes

Planter, alger og sopp

De nomenklaturene som i dag gjelder for planter er hhv:

The International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (ICN)

Utviklet av International Association for Plant Taxonomy

Den nåværende versjonen fra 2017 kalles Shenzhen-koden, på grunn av tradisjonen med å navngi kodene etter lokaliseringen av International Botanical Congress (ICB).

Dette er et såpass komplisert dokument at en av de ansvarlige for denne, Nicholas Turland, har utgitt en utmerket veiledningsbok kalt The Code Decoded, som kan leses på nettet.

Se også Wikipedia om The Code, og om botanisk nomenklatur generelt

The International Code of Nomenclature for Cultivated Plants (ICNCP)

Utviklet av International Society for Horticultural Science

Se også Wikipedia om The Cultivated Plant Code, og om kultiverte planters taksonomi

En hovedtrekk ved ICN-koden er intensjonen om å fase ut alle navnene som skyldes menneskelig inngripen, og i stedet la ICNCP ta seg av dem i kultonomien.

/////

Forholdet mellom taksonomi og kultonomi (i botanikk)

Det viktigste fokuset for dyrkingssystemer og dermed OAD, er åpenbart de kultiverte planter og dyr, resultatet av tusener av års landbruk, og særlig da bevaringen av det genetiske mangfoldet innen dette området. Dermed er det viktig for oss å finne en god måte å håndtere taksonomi og nomenklatur med hensyn til dette, men dette er ikke helt enkelt som vi var inne på innledningsvis i artikkelen. Et viktig eksempel:

«Variety» har to ulike betydninger i denne konteksten: først som taksonomisk kategori lavere enn art (og evt underart dersom det er brukt), tilsvarende varietet på norsk (jfr. var. av varietas), og for det andre som juridisk term i forbindelse med planterettigheter. Dette er uheldig, for i det siste tilfellet er det botanisk sett kultivarer (eller sorter), cultivars på engelsk, det er snakk om. Resultatet er f.eks at hele verden snakker om «grape varieties», mens det er snakk om druekultivarer. Dette er gjennomgående helt opp i forvaltningen i både USA og EU og sikkert over alt ellers, så det er neppe noe å gjøre med det. Det vi kaller sortslisten i Norge, altså oversikten over hvem som har eierrettigheter til sorter, heter f.eks «Variety gazzette» i England, eller Plant variety database i EU, eller Variety List i Tyskland. UPOV bruker også variety konsekvent, selv i navnet på denne viktigste organisasjonen for eierettigheter til plantesorter.

Taksonomisk forenkling i Open Agro Data

Vi valgte å basere taksonomien vår på den klassiske kategoribaserte strukturen, mest fordi dette er mest kjent for brukerne våre.

Med alle mellomnivåer det etter hvert er blitt bruk for i taksonomivitenskapen, er det utviklet mange flere nomenklaturnivåer. Se f.eks Manfeld-databasen ved IPK Gatersleben i Tyskland (en av verdens viktigste genbanker og forskningssentra innen plantegenetisk mangfold), eller som i wikipedia-artikkelen også lenket lenger opp. Vårt hovedfokus er imidlertid nivåene under art, og vi trenger å forenkle nivåene ovenfor.

På engelsk brukes ordet infraspecific om alt som er under artsnivået (NB! Dette er ikke det samme som underart, som på engelsk er subspecies, for det er en taksonomisk kategori i likhet med art). I OAD bruker vi «infraspesifikk» som et teknisk begrep i databasen, og som favner alt vi trenger nedenfor art, både taksonomibasert og kultonomibasert (Vi kunne velge et annet begrep her, men det er ikke lett å komme på noe. Det vil ikke være synlig i frontenden uansett). Hvilken som skal brukes for en enkelt oppføring, kan deretter bestemmes fleksibelt og synliggjøres og søkes etter behov.

Dermed kan vi bruke kun tre nivåer for navigering, med de taksonomiske kategoriene vist på inforutene til hver enkelt oppføring, sammen med all annen informasjon om egenskaper, som følger:

Det gulgrønne feltet illustrerer idéen om å la nivå 3, «infraspec», være sekk for alt nedenfor art.

Informasjonsruten for en enkelt familie viser taksonomiske nivåer over familie, men vi har lite bruk for dem, så det er bare for orientering.

Informasjonsruten for en enkelt art vil vise slekten som et eget søkbart begrep.

Infraspec-inforuten tillater forskjellige «infraspec-typer». I praksis vil de fleste oppføringer i OAD være sorter.

Med dette har vi forehåpentligvis fått et enkelt og oversiktlig system som amatører kan kjenne igjen, men som også ivaretar hensyn til korrekt taksonomi og nomenklatur.